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slr数据库是什么?
1、数据库定义:数据库,又称为数据管理系统,简而言之可视为电子化的文件柜——存储电子文件的处所,用户可以对文件中的资料执行新增、截取、更新、删除等操作。
它是以一定方式储存在一起、能与多个用户共享、具有尽可能小的冗余度、与应用程序彼此独立的数据集合。一个数据库由多个表空间构成。
SRA是NIH的高通量测序数据的主要档案,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,包括NCBI序列阅读档案(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和DNA数据库。 日本(DDBJ)。 提交给三个组织中任何一个的数据在它们之间共享。
genbank主要收集什么?
Genbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列,以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列;由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据;以及与其它数据机构协作交换数据而来。Genbank每天都会与欧洲分子生物学实验室(EMBL)的数据库,和日本的DNA数据库(DDBJ)交换数据,使这三个数据库的数据同步。到1999年8月,Genbank中收集的序列数量达到460万条,34亿个碱基,而且数据增长的速度还在不断加快。Genbank的数据可以从NCBI的FTP服务器上免费下载完整的库,或下载积累的新数据。
NCBI还提供广泛的数据查询、序列相似性搜索以及其它分析服务,用户可以从NCBI的主页上找到这些服务。
GenBank是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ,NCBI)建立的DNA序列数据库,主要收集从公共资源中获取序列数据,主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划( Benson等, 1998)。为保证数据尽可能的完全,GenBank与EMBL(欧洲EMBL-DNA数据库)、DDBJ (日本DNA数据库:DNA Data Bank of Japan)建立了相互交换数据的合作关系。
欧盟委员会新建立的COVID-19数据门户网站有何特点?
为加速研究新冠病毒引发的 COVID-19 疾病的应对方案,欧盟委员会已经为从事相关研究的科学家们开设了一个专门的数据门户网站,研究人员可借此加快对相关数据集和工具的访问。
据悉,网站数据主要涉及临床前研究、临床试验、以及流行病学研究,涵盖 DNA 序列、蛋白质结构、数据中央存储库等。
欧盟创新、研究、文化、教育和青年事务专员 Mariya Gabriel 希望,该门户网站能够成为各界加强抗击新冠病毒合作的重要具体措施。
据悉,该项目也是欧盟委员会、欧洲分子生物学实验室欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)、Elixir 基础设施和 COMPARE 等欧盟内外诸多合作伙伴的共同努力成果。
作为欧盟领导人商定的一揽子计划的一部分,该措施旨在鼓励欧洲各国能够在研究和创新上进行协调。而数据的快速开放共享,在应对 COVID-19 之类的流行病时显得至关重要。
为应对这一挑战,EMBL-EBI 与合作伙伴共同搭建了 COVID-19 数据门户,它将收集提交给 EMBL-EBI 和其它各大生物医学数据中心的相关数据集,以促进数据分析共享和加快相应的研究。
初期,EMBL-EBI 已经汇集了 ENA、UniProt、PDBe、EMDB、Expression Atlas 和 Europe PMC 等公共数据库的 COVID-19 数据集,涵盖基因、蛋白质结构、电子显微镜数据、以及科学出版物等内容。
除了数据平台,欧盟还将提供大量资金支持,此外欧洲创新委员会希望鼓励大量初创企业在多个方面展开创新。
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